黴漿菌已被認為與鳥類的呼吸道感染有關。診斷是通過病原培養進行的。
接合霉菌感染症是由接合菌綱的霉菌引起的，通過組織培養進行鑑定診斷。曾使用抗生素的年輕鴕鳥在砂囊的內表面出現白色膠狀黏液，並伴有嚴重的腺體內襯壞死；組織學檢查發現接合菌的菌絲。
調查顯示，不孕的雌性動物相比繁殖力強的動物，更頻繁地出現染色體多重異常。這些異常可以通過染色體分析進行診斷。早產的後代也可能有染色體多重異常。此外，這種情況在雄性動物中很少見。
沙門氏菌屬（Salmonella enterica）血清型Gallinarum生物型Pullorum（即雛白痢沙門氏菌，Salmonella pullorum）會使所有鳥類生病，但雞、火雞和雉雞是最常感染的鳥類。這種疾病主要見於三週齡以下的雛鳥或仍在蛋中的雛鳥。此病在成鳥中較少見，但會導致生產率下降。診斷依據是分離出細菌。
唇裂的動物通常也會有上顎裂，但曾有同一個牧場的兩隻短角牛在出生時就發生單側唇裂，這引發了對基因缺陷的懷疑。在特塞爾羊中，唇裂是由隱性基因控制的。山羊也有發生此病的報告。
感染了牛鏈球菌(Streptococcus gallolyticus)的鴿子會出現敗血症及多種臨床症狀。飛禽的感染率不定，症狀可以是急性的或慢性的，從14日齡到12歲的鳥都可能被感染，其中數月齡的小鳥最容易感染。診斷方法包括屍檢和培養。最典型的損害是胸肌局部大範圍的壞死。1至3週齡的火雞感染牛鏈球菌會增加死亡率，並出現胸肌變白及脾腫大的症狀。
感染狂犬病的動物會出現多種臨床症狀。由於狂犬病是最重要的人畜共通疾病之一，在流行區域必須對此病保持高度警覺。診斷時必須由公共衛生單位進行病毒檢測。
白黴菌病是一種由白黴菌屬的腐生真菌感染引起的鳥類罕見疾病，會導致腦膜腦炎。確診方法是通過剖檢，在感染組織中確認黴菌菌絲。
在熱帶氣候中，由格蘭氏陰性芽孢桿菌——假性鼻疽伯克霍爾德氏菌（Burkholderia pseudomallei）引起的敗血病可以得到改善。這種疾病可能是慢性或急性的，慢性徵候取決於病菌的位置和引起的膿瘡。診斷方法是通過培養菌來確定。這是一種動物生理學的疾病。
結紮的馬匹如果傷口被金黃色葡萄球菌感染，可能會導致精索慢性腫大變硬。在腫塊內會有許多小膿包，可以進行採樣作細菌培養。也有報告指出，金黃色葡萄球菌在馬與小動物的其他部位會引起結節樣的皮膚病，伴隨潰瘍，還可能生成廔管，但這樣的病例很罕見。
伺機性霉菌感染在家畜動物中較為罕見，這種感染是由細胞壁含有黑色素或類似黑色素的霉菌引起的。馬匹在毛髮完整的皮膚上會產生結節，或在身體多處出現直徑1-3公分的脫毛斑或膿泡。而犬貓則會出現皮下結節，這些結節可能很乾燥，或伴隨潰瘍、發紅或壞死。也有系統性伺機性霉菌感染的報告。診斷方法是通過霉菌培養和組織學檢查。
感染赤羽病毒屬的節肢動物傳染病毒會引起馬的腦炎。加州血清型病毒在加拿大的馬匹中被分離出來，而赤羽血清型的卡什谷(Cache Valley)病毒和引流管(Main Drain)病毒在美國被分離出來，這些病毒都會引起馬的腦炎，並且可以進行區別診斷。狗感染LaCrosse病毒會引起腦膜腦脊髓炎。
